Ana Jagellón de Hungría y Bohemia nació el 23 de julio de 1503 en Buda, en la corte húngara. Su padre era el rey Vladislao II de Hungría y su madre Ana de Foix-Candale. Con tan solo dos años, su nombre ya figuraba entre los de las princesas del amplio tablero político de la Europa Moderna.
Su padre inició negociaciones con el emperador Maximiliano I de Habsburgo para formalizar una futura unión entre Ana y el nieto del emperador, Fernando. Este era hijo de Felipe de Habsburgo y Juana de Castilla. Esta decisión no agradó a la nobleza húngara que se negaba a aceptar que se sentara en su trono un miembro de la casa de Habsburgo. Sin embargo, Vladislao II se mantuvo firme en su decisión y esperó a que su esposa diera a luz a su segundo hijo, algo que sucedió en 1506. El niño, al que se le bautizó como Luis, desbancó a su hermana en la línea sucesoria y calmó los ánimos de la nobleza. Tras el parto, la reina Ana falleció y los pequeños príncipes fueron criados por un ejército de nodrizas y sirvientes reales. Mientras tanto, Vladislao II seguía estrechando lazos con el imperio cerrando un nuevo acuerdo que se convertiría en un matrimonio cruzado. Mientras Ana se casaría con Fernando, su hermano lo haría con una de sus hermanas, María.
En julio de 1515 las dos casas reales se dieron cita en Viena donde se ratificaron los acuerdos matrimoniales. Pocos meses después, Vladislao II fallecía y ascendía al trono su hijo como Luis II de Hungría. En 1517, Ana se trasladó a vivir a Innsbruck donde también viajo su futura cuñada, María y allí, ambas princesas, esperaron su destino mientras se forjaba entre ellas una inquebrantable amistad.
El doble matrimonio se celebró finalmente en 1521. La de Ana con Fernando fue una unión prolija, hasta quince hijos. Sin embargo, su hermano Luis y su esposa, convertida en María de Hungría, no tuvieron tiempo de engendrar ningún heredero. Luis II fallecía en 1526 en la batalla de Mohács dejando al reino húngaro en una difícil situación en la que los nobles intentaron convencer a María de que se casara con uno de ellos para tomar las riendas de la corona. Sin embargo, las negociaciones de Ana consiguieron que fuera ella y su marido quienes heredaran los reinos de Bohemia y Hungría.
Ana Jagellón fue así reina de Hungría, pero nunca se convirtió en emperatriz. Antes de que Fernando asumiera el título imperial, ella fallecía tras dar a luz a su última hija, Juana, el 27 de enero de 1547. Todos sus hijos entroncaron con distintas casas nobles y reales del viejo continente. Su segundo hijo, Maximiliano, sería emperador y se uniría a la rama española de los Austria al casarse con su prima María, hija de Carlos V y hermana de Felipe II.